而在镜头的另一边，zion正誓死捍卫着人类的文明……在巨大灾难面前，人类灵魂的伟大使人类不朽。
rinity到达了机器之城，此时的neo已经觉醒，拥有了改造“真实世界”（机器世界）的能力，在neo眼中这里已经不是冷冰冰的机器，而是与思想和灵魂一体的“生命能量”，他徒手抵抗来自于机器世界（基础感知规定性）的攻击。由于攻击太过猛烈，trinity也开始紧张了起来……
neo告诉她，往上，飞向天空！整个系列最壮美的一幕！他们穿透了乌云，仰面照耀下来的，是磅礴的日光，trinity第一次见到这样的景象，howbeautiful！仅有2秒，飞船惯性下坠，trinity眼神里不再有紧张不安，无论将面对什么，她心里已有一份坚定！这一幕叫做——真理！这里云层以外的，就是人祈求逼近但永远感知不到的世界本真！
rinity借由思想的觉醒、灵魂的力量、身体格律的突破，真正触达了先知口中的“本源”，虽然不知道是什么，但是绝对地美好，他们至此，彻底觉醒！
trinity在迫降过程中死亡使得neo义无反顾，只剩下唯一一件事，等待neo去完成——回归“本源source”！带着爱和美好融合三个世界（感知世界+思想世界+灵魂世界）达成人（人类）的新的和谐统一……
neo站在机器大王——一个巨大的感知细胞面前，承诺战胜已经感染整个matrix世界的smith，从而让世界进入新的平衡。面对强大的smith机器大王质疑地问他“如果你失败了呢？”，“我不会失败”neo心里已有一份坚定，因为他明白真正战胜smith的方式不可能失败……
smtih作为人认知的规定性格律，他对生命的意义只能意识到最基础的规律——死亡，他永远无法认识neo此时心中生命的意义——爱。
neo最终，还是倒下了！
“人类啊！为什么，你为什么这么顽固！
饱受挫折与苦难，
你却还选择重新站立。
除了生存，
你还能找到别的意义？
自由、真理、和平、爱情
难道你真的理解？
你怎知！
她们不是你脑海中的幻影？自欺欺人的伎俩？掩盖毫无意义的
存在！”
我不知道，但我选择，爱！——neo
smith自从同化了先知，获得了“先知之眼”之眼的能力，其实smith不知道，一切都是先知（感性的生命情感）指引他走到这一步。smith不信这一切，强行同化感染neo，此时的neo已经准备好了接下来的一切，唯一战胜smith的方式——牺牲。
neo作为觉醒的意志，他需要做两件事，第一件理解驱动世界本质和目的，这样他才知道觉醒意志的方向，当然对于人类而言就是“爱”。第二件事，带着这份理解，重新回到“世界本源”，回到每一个人的共性本质中，才能从底层影响每一个人。而smith作为每个人的底层认知格律，并且已经“感染”了所有人，所以，neo必须与其同化，进入smith，就是将本质带进每一个人。
被smith同化后，也可以说同化了smith后，neo消失了，但他无处不在！变成了超体，从底层“本源”打通了全部三个世界，完成第六次“认知革命”！
随后matrix（人类思想）重启，进入一个新的世界观时代，经过了殊死的苦难、冲突和斗争，无论是个体自身的感知、思想、灵魂，还是整个人类的认知、网络、系统，进入新的暂时稳定状态。就如最后“造物主”和“先知”的对话，改变总是危险的，但愿这次的“和平”能维持到aslongaswe……
苏醒后的sati（爱），来到先知身边问道：“我们还能再见到neo吗？”“会的，我并不知道，但我相信，相信会有那么一天……”当然，人类还会继续经历苦难，还会面临更大的挑战，我们依然会陷入矛盾、冲突、迷茫。但到我们动荡的那一天，我们相信，来源于人类本质当中的驱动力（爱），将再次觉醒，引领我们走向世界“本源”，我们会再见到的——neo！
matrix（思想）是黑客帝国核心，人的所有行为无非是认识世界和改造世界，如何认识所处的世界（世界观），决定了其行为动向，理解世界的本质、目的、动因、方式、结果，这些都由我们的思想完成。自康德（1724-1804）之后，人类已经明确：人只拥有作为人感知世界的方式，因此不可能像“上帝”一样，全知全能，客观存在。所谓认识世界，被三种先天的模式规定：纯粹直观（对感知方式的先天规定）、逻辑+范畴（思维将感知到的对象处理成一个个的单元的先天规定）、纯粹理性（逻辑的追究终极的先天规定）。
近2500年来，西方文明秉持理性至上的观念，将人和自然界割裂开来，发展出现代文明的一切，包括近现代以来的倾轧戕害，直到马克思在其《资本论》（政治经济学批判）中，证明了人类理性上层建筑（经济、政治、法律、科学）不是一个纯粹孤悬的理念，它们的发生基础，是感性！从此理性不再作为人区隔于自然界的特有能力，曾经被我们视为动物般的能力——感性，走上世界本源的舞台。随后胡塞尔在其《现象学》当中，提出“回到事情本身！”。曾经人类的理性认为，这个世界就是一个概念集合，而物体不过是展现，例如高脚杯是酒杯这个理念在具体场景的展现。因此，重要的是理念，而非现象，但这忽略了塑造酒杯这个理念的前提——人最基础的感性生命经验，是喝酒的味蕾刺激，是器皿碰撞的声音，是朋友共饮的欢乐，是控制不住举杯高歌的激情……他们都在事情本身之中，而不是冷冰冰的逻辑之内。