在军事改革按部就班进行后，天圣帝宣布对内阁和中枢政府进行改革，由朱悟?主持，为全国改革做准备。

  这对朱悟?来说不是难事，东北总督府的官制已基本成型，效果不错。不过，朱悟?没有完全放弃内阁制度，将内阁实权化。

  内阁设首辅一人，次辅四人，总领帝国政务，执行皇帝下达的决策。省级以上的官员，由首辅推荐，皇帝任命。

  内阁之下，设内政部、吏务部、财政部、税务部、外交部、文教部、工业部、农业部、商业部、交通部、宣传部、资源部等20部门。

  刑部和大理寺卿等法律机构分割出来，组建司法院，主管法律相关的事务，设立法院、法院、监察院等，司法大臣由皇帝任命，但只有监督权，不进行具体法务干预，像一把悬浮的剑。皇帝同样受到司法院的监督，不能随意干涉司法程序。

  都察院负责监察全国官员，维护百姓利益，是百姓遭遇权力压迫、冤假错案等最后的申诉门。都察院不干预地方事务，若遇到不公或权力交易等情况，有责任向监察院和法院发起相关的流程，并上报上一级都察院。

  都察院是维护百姓公平的机构，都察大臣由皇帝任命，只向皇帝负责。

  职权划分后，皇帝之下，形成内阁、司法院、都察院三大平行机构。至于其他的如皇族管理等部门，全部撤销掉，没什么意义。大明一切人员，都受到法律的监督，没什么特权人员。

  皇族犯法，一样获罪。

  在天圣帝的建议下，保留锦衣卫，但完全成为皇帝耳目，潜伏到各地，关注地方官员和百姓，只有汇报权利，没有执行权。皇帝不可能天天看，一旦遇到都察院都解决不了的官官相护情况，锦衣卫通过流程，让上一级的政府机构去查。

  中枢机构进行改组后，原来的五部尚书将进行裁撤，为了保证改革的顺利进行，首任首辅由朱悟?担任。

  朱悟?将虞万青、张楠调入内阁，任次辅，协助朱悟?管理内阁。同时，撤销东北总督府，原来的总督府官员，全部调入中枢各部。

  原中枢部门的官员，有能力的，均可留下任职。

  中枢改革，地方政府同步跟着改革，按照中枢政府的机构模板进行部门增减。地方上，巡抚只负责政务，司法院和都察院下沉到县一级。

  在一九零二年三月中旬，大明新内阁启动改革。

  改革按照东北的模式进行，地方官员必须配合。其他各省的百姓，早就翘首以盼，等到改革的时候，百姓们积极配合，踊跃参与。

  为了促进经济的发展，朱悟?请示天圣帝，由天圣帝下旨，立法院制定相关的商业法律，优化商业环境。税务部门制定商业税收类别，向全国下发，其中包括关税。

  商业税和关税，不在十年免税的范围内。