一辆豪车停在东京港里，车里的男人正在环顾四周观察港口里的情况。
在港口外面的公路上，目幕警官和他的手下坐在车里，目幕警官看了看手表“时间已经差不多了，但是绝对不要逞强，记住，人质的安全第一。”
目幕警官看了看手上的照片“我觉得那不是武居的女儿啊。”
与此同时，男人的电话响了，目幕警官听见铃声开始监听，男人接通了电话“喂？”
“钱带了没有？”
“带来了，你们快点放了直子吧。”
“别急嘛，先给你瞧瞧。”
男人跟着声音转过头，一辆面包车停在旁边。
同时正在监视的警员用对讲机报道“歹徒出现了，是一辆面包车，停在奔驰汽车附近。”
男人打开了车窗，面包车上窗帘也被拉开“直子。”
“我现在就拿钱过去。”
男人拿起手提箱打开车门后正准备靠近面包车，电话里传来绑匪的声音“等一下，是不是警察在旁边？”男人愣住了。
“交易取消。”说完面包车调转车头加速离开。
“等一下！”
“他逃走了。”
“快。”所有警员上车追赶面包车，与此同时，男人脚边的手提箱自己打开了，里面的钞票都飞了出来，不同的是，那些钞票全都是从报纸上剪下来的。
面包车快速的行驶在公路上，最后撞开了围栏冲进河里，目幕警官叫人把面包车从水里打捞出来。与此同时，苍天蓝羽骑着摩托车带着柯南，毛利小五郎和毛利兰抵达现场。
“完全不踩刹车就直接冲下去了，对了，被绑架的武居直子和小兰是同班同学吧？”
毛利兰点点头“是啊。”
“羽毛呢？”
“知道一些，以前新一跟我提过她，他说武居直子常常是一张忧郁的脸坐在教室里，不知道在想什么。”
面包车很快打捞了起来放在地面上，目幕警官和毛利小五郎跑过去检查，正准备拉开车门进去检查时一位蛙人跑了过来“报告长官，在车里什么都没有发现，河底也没有发现尸体，这里的水流比较急，应该不会被冲走了吧。”
“天啊。”
“什么尸体啊！”
武居直子的父亲来的现场“我是这么的信赖你们，把一切都交给你们，可结果呢？告诉我结果怎么样了呢！”
“还给我，还给我，把直子还给我！还给我……”
苍天蓝羽和柯南进入车内检查，他们记得目幕警官说过车子是直接从前面撞下去的，可是为什么只有车窗破掉了，二人在驾驶座那里发现了一柄锤子。
毛利小五郎把柯南撵了出来“柯南你又在胡闹什么啊！别妨碍小羽毛检查！”
柯南连忙跑出来“对不起，对不起，对不起啦。”
“羽毛，你有没有发现什么？”
苍天蓝羽拿着锤子钻了出来“一把锤子和一个坏掉的车窗，没了。”
黄昏时期，四人来到武居直子一家的豪宅“我再也不信任警察了，因此希望你能够为我们抓到歹徒。”
毛利小五郎说道“这我了解。”
“详细的情形我请秘书花井小姐说明一下。”
“我是花井，你好。”
“可不可以请你说明一下当时被绑架的情形啊？”
“好的，那天我和直子小姐约好要去看电影，但是我等了她好几个小时，她都一直没有出现。”
“所以你很担心就去报警了。”
“不是的，是歹徒他联络上我的电话，我才知道直子小姐被绑架了。”
“我想歹徒一定告诉你说不可以报警对不对？”
“是啊，所以我就立刻报告社长，都是我不还，如果那天不去看电影就好了。”花井秘书哭了起来。
“小兰。”
“哦。”毛利兰起身去安慰秘书。
“你知道歹徒真正的用意吗？”
“知道的话就不会找你了。”
“好吧，我们换个方式来说吧，武居先生有没有什么仇人呢？”
“恕我直言，武居先生可是有名的并购高手，是不是有生意上的仇恨。”
一旁的兄弟二人心想：没想到叔叔还是个胆大心细的人
“我哪记得了这么多啊，我告诉你，做生意就像打仗，输的人只能够怪你自己，你懂不懂啊你。”
“是，是……”
兄弟二人吐槽：我们收回刚才说的话，胆大心细个鬼，人家一凶就没胆了。
三人前往二楼“花井小姐的房间在二楼对不对？”
刚到二楼毛利兰从房间里走了出来“花井小姐怎么样了？”
“直子好像把花井小姐当做亲姐姐一样，由于直子的妈妈很早就过世了，所以直子便将花井小姐当成亲人一样爱慕她”
第二天，花井秘书来到了打捞现场，注视着河面“花井小姐？花井小姐？”
苍天蓝羽带着毛利兰和柯南来到花井秘书的身后，无论毛利兰怎么叫花井秘书毫无反应，到最后是柯南走上前拉了拉衣角“姐姐。”
“是你们啊。”
四人走在河边，毛利兰问花井秘书“你怎么啦？我刚才一直在叫你啊。”
“对不起，我的耳朵有些不好。”花井秘书捏了一下鼻子，这一举动被柯南和苍天蓝羽看在眼里。
“我想你们几位也一直在担心直子吧？”
“我相信直子她，直子她一定还活着。”
花井秘书点了点头趴在围栏上看着河面“但是，动用了这么多人都还找不到她，她到底在哪里？”
说完花井秘书朝着三人鞠躬后就离开了，毛利兰看着远去的背影“好可怜哦。”
看着河面的兄弟二人想到了什么，于是苍天蓝羽看向毛利兰“小兰姐，我们到那边去一趟。”
“为什么？”
“或许对岸有人曾经看到了什么。”
三人来的河对岸找到了一位渔夫，说出来意后钓鱼佬说道“那天呀。”
苍天蓝羽说道“有没有发生什么奇怪的事情？”
“没什么啊，而且我们这些渔夫，大家都在精灵帮警察在搜索也没找到。”
毛利兰说道“大家？”
“有事情互相帮忙是我们行船人的规矩啊，不过呢，那个时候那个开快艇的人啊，真是的。”
兄弟二人感到好奇“快艇？”
“是啊，我的船头差点被他撞歪了呢，气死我了。”
“没办法啊，那些啊大部分都是有钱人家的船哦。”
苍天蓝羽问渔夫“那老先生，那艘快艇在什么地方啊？”
三人跟着渔夫的指引来到附近的码头找到了快艇“这个应该就是我们要找的。”苍天蓝羽想都没想就走上快艇，柯南和毛利兰也跟在后面。
三人发现了船上有一套被遗弃的潜水装备，看着甲班上的装备，柯南和苍天蓝羽确定了歹徒和武居直子还活着。
黄昏时期，两人坐在摩托车上望着河面开始推理案发经过，那场事故并不是什么意外，而是歹徒利用水遁逃走的方法。
歹徒开着车辆直接冲进河里，戴上事先准备好的潜水装备后再用事先准备好的铁锤把车窗给打碎，游泳来的对岸后搭上停在那里的快艇，再利用警察把注意力放到面包车的空挡的时候逃离现场。
可是他为什么怎么做？可能是歹徒发现了警方，故意制造犯人跟人质都死亡的假象以打乱警察的搜查，还是另有企图。
其中还有一个疑点，那就是找不到武居直子的尸体，二人只找到了一副潜水器材，歹徒是怎么把武居直子从下沉的车子里带走的，又或者是歹徒根本就没有带着武居直子来到现场，可是车里的那个被蒙住眼睛和嘴巴的女孩又是谁，目幕警官他们确定他们看见了武居直子。
“柯南，小羽毛！”毛利兰的声音打破了二人的思绪。
苍天蓝羽看向跑过来的毛利兰“小兰姐有什么事啊？”
“我问过码头管理员了，他说这条快艇的主人是将船放在这里后就已经好久没有来开了，你们想会不会是那位老伯伯看走眼了。”
二人心想这绝对不可能，但是他们要怎么证明他们心中所想的是正确的呢？