沈阳的谈判陷入僵局之时，千里之外的大明京师，朱慈烺正在接见东印度公司的两个代表。
自从朝廷和东印度公司谈判，从东印度公司的是租借两艘大型三桅战舰和八艘小舰，大明预付了一部分的定金，同时准许东印度公司的商船，短时间之内在天津靠岸之后，大明和东印度公司的关系，渐渐亲密了起来，今日，随两个东印度公司的代表一起到京师的，还有六大船的粮米。
大明和东印度公司谈判，除了战舰，还和东印度公司签订了购买粮米的协议，东印度公司从印度，安南（越南），乃至吕宋（菲律宾）采购大米玉米，运至天津，大明用丝绸瓷器和茶叶进行交易，虽然这笔买卖算下来，东印度公司几乎很难获利，但因为大明为他们开了口子，准他们在广东（广州）直接交易，这么算起来，东印度还是有一定获利的，更不用说，和大明这么一个庞大国家通商，从长远看，对东印度公司绝对是重大的利好，这也是东印度公司会忍痛将战舰租借给大明的原因。
算上去年的两次，这已经是东印度公司第三次大规模的向大明运粮了。
在两个代表和六艘粮米之后，再有三五天的时间，第一艘三桅战舰和四艘小舰就会抵达天津。
两个代表是前导，一来是向大明交付粮米，请大明为接舰做好准备，二来也是向大明朝廷反应一些情况。
听完两个代表所说，朱慈烺愉快的心情，渐渐有点沉重起来。
东印度公司运来了粮米，第一艘三桅战舰也在途中，不日就可到达，这都是喜讯，但随着喜讯到达的，还有一个非常不好的消息。
一个月前，东印度公司的一艘商船在大明外海遭到海盗袭击，如果不是船员奋勇抵抗，用鸟铳进行还击，加上海风骤起，折断了海盗船的桅杆，说不定东印度公司的商船就被血洗了。
事后，东印度公司一口咬定，事件乃是大明福建总兵郑芝龙所为--虽然海盗最后逃窜了，东印度公司并没有找到确实的证据，但他们仍然坚定的相信，自己的判断是正确的，假扮海盗的，就是郑芝龙的人。
对东印度公司的判断，朱慈烺是相信的。
自从朝廷和东印度公司谈判，给东印度公司开了一个小口子，允他们的商船在天津和广州靠岸之后，各方都是得益者，唯有郑芝龙的利益受到了损害。过去，东印度公司没有办法和大明直接通商，所有的商业活动，不管是购买瓷器丝绸茶叶，还是向大明倾销香料，都需要通过郑芝龙，郑芝龙空手套白狼，左手转右手，每年不知道要赚多少银子，但自从东印度公司和大明朝廷达成协议，有了一部分的通商权之后，商业活动自然就不必再经过郑芝龙之手了，郑芝龙平白少了利益，自然不会愿意，以他海盗出身的脾气，派人假扮海盗，洗劫东印度公司的商船，给东印度公司一点颜色看看，是顺理成章的事情。
郑芝龙……虽然有京师觐见，朝廷加官进爵的安抚，但面对自身利益受损，他还是有点坐不住。
朱慈烺担心的，不是东印度公司受损，而是郑芝龙在背地里使坏，破坏朝廷的政策，继而挑战朝廷的权威，如果朝廷不能做出及时有效的反应，长期下去，会助长郑芝龙的嚣张气焰。
因为开封大胜和击退建虏入塞，原本渐渐抬头的军阀迹象，已经被压制住了，最有代表性的就是襄阳的左良玉，历史上，当到了崇祯十六年之时，开封之败后，左良玉对督抚们的命令，已经完全不当一回事，自主一方了。但今世因为朱慈烺的穿越，形势改变，从开封大胜到击退建虏入塞，朝廷重新竖起了威望，特别是击退建虏入塞，这是杨嗣昌和洪承畴都没有做到的事情，加上朝廷补发了粮饷，各地官兵对朝廷的命令，再不敢推三阻四。
左良玉安稳了，但郑芝龙现在却是一个麻烦，和左良玉不同，郑芝龙依仗的是水军，在茫茫大海之上，郑芝龙才是真正的皇帝，如果他愿意，他绝对可以阻断东印度公司和大明的通商之路，而朝廷拿他莫何，只不过顾忌朝廷，他不敢公开反对，只敢在私下里做一些小动作。
东印度公司的两个代表说的明白，如果大明朝廷不能制止约束郑芝龙，保障东印度公司的商船在大明海域的安全，那么，东印度公司就无法保证按期履行他们对大明的承诺，包括运送粮米和租借战舰。
接见结束之后，朱慈烺静思了一会，对唐亮道：“让施琅来见我。”
施琅到京师已经有一段时间了，朱慈烺也已经见过他一次了。
施琅今年刚二十二岁，长的甚是健壮，虽然五官普通，但长胳膊长腿，是一个练武的好架子，初见到太子时，他非常惶恐，跪在地上久久不动，太子问话，他也是小心翼翼地回答，直到后来，太子问道水师的一些操练，他才渐渐放松了下来，就自己所知，倾囊告诉太子。
不得不说，施琅真是一个水军的天才，虽然才二十多岁，但在海上已经漂泊了六七年，各种水军战术，信口拈来，加上颇有战术眼光，对兵法有相当的见识，刚毅果断，这样的人后来能统兵战胜台湾水军，完全在情理之中。
半个小时的交谈，朱慈烺已经知道，施琅并非是一个天生的反叛者--而只是一个急于想要出人头地的年轻人，谁赏识他，拔擢他，他就会效忠于谁。
照历史记载，在郑成功麾下时，因为恃才傲物，数次对郑成功的战术提出异议和反对，引的郑成功不快，施琅被剥去了兵权，最初，施琅也曾竭力表现，想要讨得郑成功的欢心，重获兵权。但郑成功却始终不给他带兵的机会，只赏赐他金银，施琅闷闷不乐，而最终的导火索，乃是因为他的一个亲随，眼见跟着他没有前途，就悄悄投到了郑成功的帐下，施琅大怒，将其捉回斩首。
郑成功“驰令勿杀”，施琅却悍然不顾，“促令杀之”。
郑成功见施琅违令擅杀郑氏旧将，断定他是反形已露，于是将他全家都捉了起来，但施琅却在部将的帮助下，在押解过程中逃走了。郑成功获悉施琅已经逃入清方管辖区后，怒不可遏，便把其父施大宣、其弟施显处斩。